「ITmedia」に何者かが不正侵入、ページを書き換えて不正コード設置。ITmediaはapacheを使ってサーバを構築しているようなので、apacheの脆弱性一般を突いたのか、しょぼいパスワードがtelnet/sshで設定されていてブルートフォースされたか（これに1票）、まあそんなところでしょか。
ちゃんと
- RHELで自動更新：脆弱性を塞ぐ、短期間で塞がってるはず
- SELinux+NX/XD：まさか本番サーバでSELinuxをオフにしてないよね？かつ、NX/XDの使えないCPUってことはないでしょ？
- /etc/hosts.accessの設定+iptablesで管理ネットワーク以外からのsshはreject/drop：アクセスできるホストを何億分の１とかにサクッと出来ますよ
でほとんど防げると思うんですけどねぇ。