Red Hat Professional Workstation 3に付いてくるdoxygenのバージョンは、1.2.18-4.2。これでphpのソースからAPIドキュメントを作ると、変数名から$（ダラー）がとれてしまいます。で、fedoraでは1.3.4-1のパッケージがあるので、これをインストールするとちゃんと$が付いた変数名でドキュメントを生成してくれます。が、fedora用パッケージをインストールしようとするとrpmコマンドで怒られるので、–nosignature –nomd5 –nodigestを付けて強制的にインストールします。
それから、EUC-JPでソースを書いている分には問題ないんですが、UTF-8で書くと文字化けしまくります。この対策としては、doxygenの設定ファイルのINPUT_FILTERに”/usr/bin/nkf -We”を設定して、doxygenが読み込む前にEUC-JPにしてやります。こうすると、生成されるhtmlのcharsetはEUC-JPになるので、sedでもphpでも良いんですがmetaタグをcharset=UTF-8に置き換えて、さらにphpなりnkfなりでEUC-JPからUTF-8に変換してやります。これで完璧。